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污染率是指在食用菌生产的过程中，由于受到杂菌、病虫害污染的栽培包数占当批总投入包数的比例。影响污染率的具体因素包括生产工艺的高低、环境参数控制的得当、技术力量的强弱，管理精细程度的深浅等因素。

人工种植食用菌生产过程主要分为：菌种生产、配料搅拌、装袋、灭菌、冷却、接种、培养、搔菌、生育、采收包装10个阶段。在上述前9个生产阶段均可能对栽培袋造成污染。

食用菌生长过程中均会受到不同程度的发生诸如绿霉、青霉、曲霉、根霉、毛霉以及细菌等杂菌污染，高温季节尤为严重。正常情况下，污染率在5%以下，要是工厂化栽培企业的污染率皆控制在0.1%。如果超出了这一范围，就需要我们查找原因，一般可从污染时间来分析加以研究和解决

一、如果在4--5天前后出现的污染，而且比较集中在一起：

（1）灭菌不彻底

这一原因导致污染发生的特点是污染率高，发生的早，污染出现的部位不规则，培养料的上中下各部均出现杂菌。这种污染常在培养3-5天后即可出现。影响灭菌效果的主要因素有：

①关键是把锅内冷空气排尽，否则，锅内不能达到饱和的蒸汽压，灭菌的温度也达不到要求。

② 培养料性质的影响培养料中应避免出现“夹心料”（即培养料中含有未吸水的干料）。灭菌锅内的蒸汽对夹心料的穿透能力较弱，容易出现灭菌死角，达不到灭菌的目的。

（2）菌种带杂菌

如果菌种本身不纯菌种接种后没有及时发现，让菌丝覆盖过去，“藏”在菌丝下面，依然也在繁殖。我们接种时，也就将污染的菌丝分接入栽培包，由于含有污染的菌丝，所以很快就繁殖，几天之后就出现了污染。污染特点是：集中在一起的菌包都出现污染，而且污染的部位在菌种接种块处，污染出现较早，接种3-5天即可出现。

（3）原材料品质

原材料是食用菌栽培的基础，规模化种菇导致原材料的紧缺，大量的伪劣原材料开始投入到食用菌生产中去，为了降低成本，很多栽培企业和菇农开始调整配方，降低培养料中的营养比例。

二、如果在8--9天前后出现的污染，出现的污染是零星出现的，不是过于集中，杂菌在培养料表面生长，一般发生在菌袋开口处以及接种处。

（1）预冷室

本来经过灭菌后的菌袋已经达到了无菌状态，但由于灭菌锅附近卫生条件很差，单位空间杂菌浓度很高。一旦灭菌后，过早开锅，锅内外的温差过大，袋内外气压差，就很容易产生倒吸现象，杂菌分生孢子很容易进入袋内，导致污染。在冷却过程中，随着温度的降低，袋内气压降低，冷却室如果灰尘过多，杂菌孢子基数过大，杂菌孢子就很自然的落到了菌袋的表面，而且随内外气压的动态平衡向袋内移动，当棉塞受潮后就更容易先在棉塞上定植，或等待接种操作时随手的碰触而落进袋内。当菌袋外附有较多的灰尘和杂菌孢子时，就会成为接种操作的污染源。

（2）接种室

接种操作不规范引起培养料污染的特点，是杂菌在培养料表面生长，一般发生在菌袋开口处以及接种处。比菌种带菌和灭菌不彻底造成的污染发生稍晚，一般接种后8天左右出现症状。接种操作的污染源主要是接种室空气和菌袋冷却中附在表面的杂菌，有的接种操作人员自身洁净度不良，也是很重要的污染源，违反接种无菌操作规程等都是接种操作的污染原因。接种过程要严格按照无菌操作要求进行操作尽量少走动，少搬动，不説话、尽量小动作、快动作，以减少空气震动和流动，减少污染。

（3）培养室

培养室不洁净、空气不流通、室内潮湿，也可感染杂菌。这种情况下污染率相对较低，但随着培养时间的延长，污染率会逐渐增加。大量污染出现比较晚，一般在接种10天后出现。接种后特别是反复检查，只提住塑料塑料圈，习惯动作，导致袋口塑料薄膜上下运动，产生气压差，导致污染，也就是大家所说的越检查越污染。

食用菌栽培工厂出现大规模污染，不但会影响食用菌的产量，也会影响食用菌产品的品质，从而影响售价。污染率越低说明投入相同数量的栽培瓶所最终得到的良品数越高，也说明杂菌控制水平越高，相同投入下产出越高。